W zależności od rozmiarów niedotlenienia, encefalopatia niedotlenieniowo-niedokrwienna może przebiegać pod postacią łagodną, umiarkowaną i ciężką. Postać łagodna, określana jako HIE I stopnia, ujawnia się w pierwszej dobie życia. Jej objawy są przejściowe i rzadko utrzymują się do 3. doby życia noworodka. Ich nasilenie ulega wyraźnemu zmniejszeniu, a zaliczamy do nich: brak płaczu po porodzie, czuwanie zamiast snu, nadpobudliwość i drażliwość, a także drżenia kończyn, łagodną hipotonię mięśniową i trudności z ssaniem pokarmu. W badaniu lekarz stwierdza wygórowanie tzw. noworodkowych odruchów pierwotnych, szczególnie odruchu Moro. HIE I stopnia należy różnicować z hipoglikemią (wrodzone błędy metabolizmu) oraz zakażeniem. Rokowanie w opisywanej encefalopatii jest dobre.

HIE II stopnia, to encefalopatia niedotlenieniowo-niedokrwienna umiarkowana. W porównaniu z HIE I – objawy utrzymują się od kilku dni, do około dwóch tygodni, z wyraźnym ustępowaniem już po pierwszym tygodniu życia noworodka. Zalicza się do nich: nadmierną senność – tzw. letarg, obniżenie napięcia mięśniowego oraz trudności w ssaniu, osłabienie odruchów pierwotnych, a także drgawki w pierwszej dobie życia. Niestety u około ¼ dzieci występują poważne powikłania ze strony układu nerwowego.

HIE III stopnia, to encefalopatia niedotlenieniowo-niedokrwienna o ciężkim przebiegu, która obserwowana jest u noworodków z dużym niedotlenieniem. Występują głębokie zaburzenia świadomości, jak śpiączka; znaczna hipotonia mięśniowa, brak odruchów noworodkowych, napady drgawkowe oraz niewydolność oddechowa wymagająca wsparcia respiratorem. Zdecydowana większość noworodków z HIE III stopnia umiera lub ma ciężkie powikłanie ze strony ośrodkowego układu nerwowego.